Acte 1 – Seoul
Kim is een jonge, veelbelovende manga- en anime-artist die stage loopt bij Sharpless Kishimoto, eigenaar van Oh! Production Studio’s in Seoul. Sharpless herkent al bij de eerste kennismaking het grote eigenzinnige talent in de 18-jarige artieste, maar ze realiseerde zich ook dat haar eigen creatieve brein haar belemmert om te ontpoppen tot een vlinder om haar vleugels uit te kunnen slaan. Vanuit de strenge Koreaanse normen en waarden ontfermt zij liefdevol over haar Butterfly.

Mediamagnaat Benjamin Pinkerton uit New York is voor zaken in Seoul en heeft een afspraak bij Oh! Productions om samen een nieuwe productie voor de Amerikaanse markt uit te geven. Manga en anime zijn booming business, maar Pinkerton voelt feilloos aan dat de kans van slagen alleen realistisch is als het art work in samenwerking met de grote Seoul-studio’s wordt ontwikkeld. Genoegzaam kijkt hij rond in de enorme studio vol hardwerkende artiesten. Sharpless ziet kansen, maar weet ook dat de machtige Pinkerton alleen maar gaat voor succes en kapitaal.

Als Butterfly tijdens een bespreking tussen Sharpless en Pinkerton het kantoor binnenkomt voor een presentatie van art-work wordt Pinkerton op slag verliefd. Butterfly is zich van geen kwaad bewust, maar Pinkerton raakt bedwelmd door de onstuimige gedrevenheid van de jonge kunstenares. Hij vind alles prachtig wat ze presenteert, maar kan eigenlijk vooral zijn ogen niet van van haar afhouden. Sharpless ziet toe bij wat zich voor haar ogen ontvouwt en wordt verscheurd tussen bezorgdheid om Kim en de druk om de samenwerking binnen te halen. Uiteindelijk zwicht Sharpless voor de opdracht. Om Pinkerton te overtuigen zegt zij toe dat Butterfly exclusief voor dit project ingezet zal worden en wat hem betreft zelfs kan werken vanuit het exclusieve penthouse dat Oh! Production voor belangrijke gasten bezit in het zakencentrum van Seoul.

De deal wordt bezegeld tijdens een thee-ceremonie. Sharpless is bezorgd. Pinkerton opgewonden. En Butterfly in de wolken om de kansen die haar gegund worden. Tijdens de ceremonie worden de cultuurverschillen pijnlijk duidelijk als Pinkerton vol trots aan de theeschenkster vertelt over zijn fantastische deal waar hij bovendien een penthouse en een maîtresse bij krijgt!

In de weken daarna is Pinkerton opvallend vaak in Seoul om in zijn penthouse van Oh! Production met Butterfly aan The America Anime te kunnen werken. De onbevangen Butterfly is weerloos voor zijn Amerikaanse charme en prachtige beloftes. Ze droomt over een toekomst samen met Pinkerton, waarin ze eindelijk de beklemmende Koreaanse tradities kan ontvluchten en op kan gaan in The American Dream. Sharpless waarschuwt Pinkerton nog dat Butterfly hun relatie veel serieuzer neemt dan hij, maar het is al te laat. Ze bezwijkt en geeft haar lichaam aan de zwelgende Pinkerton.

Entre Acte
Het is drie jaar later, Butterfly vliegt eindelijk: New York is haar bestemming. Haar werk heeft van The American Anime een doorslaand succes gemaakt en de studio is inmiddels verhuisd naar New York. Pinkerton heeft in zijn Pinkerton Tower in New York een nieuwe studio ingericht met louter Amerikaanse comic artists. Hij ziet echter in dat het blad nog lang niet zonder de artistieke inbreng van Butterfly kan en heeft haar -tot furieuze woede van Sharpless- overtuigd om naar New York te komen. Verblind door haar onvoorwaardelijke trouw aan Pinkerton heeft Butterfly haar familie en haar werk in Seoul achtergelaten. Het vliegticket voor haar zoontje heeft ze amper van haar spaargeld kunnen betalen, maar eenmaal in New York weet ze dat Pinkerton alles op zal lossen, zeker als hij hun zoon zal zien. Pinkerton heeft geen tijd om haar van Kennedy Airport op te halen. Zijn vrouw Kate wacht hen en ontvangt ze op Amerkaans joviale wijze als Butterfly en haar zoon zijn geland. Ze is geschokt maar haar Oosterse waarden houden haar gezicht strak. Butterfly weet dat ze onmogelijk terug naar huis kan.

Acte 2 – New York

Na zeven lange, eenzame jaren in New York is Kim uitgeprocedeerd. Het nieuwe rigide immigratiebeleid van Washington wijst iedere verblijfsvergunning voor Koreanen resoluut van de hand, Kim was kansloos. Ze heeft haar koffer gepakt, maar besluit nog eenmaal voor ze gaat naar Pinkerton Tower te gaan. Pinkerton en zijn vrouw ontvangen de twee met enige tegenzin: Pinkerton voelt zich verplicht en Kate is echter achterdochtig. De opgroeiende Ben-Ji begon steeds meer op haar echtgenoot te lijken. Haar wegstopte jaloezie had het kinderloze huwelijk met Pinkerton tot een ijskoude verstandhouding gemaakt. Ze ziet Pinkertons zachte blik als hij naar Ben-Ji kijkt. Vol afgrijzen wendt ze haar blik naar het kind in hun woonkamer. Kate breekt. Ondanks dat de hel losbreekt los in Pinkerton Tower, behoudt Butterfly haar waardigheid. Ze heeft haar besluit genomen. Butterfly negeert Pinkerton en richt zich tot Kate: “Hier is Ben-Ji, de zoon die Benjamin je niet heeft kunnen geven. Ik weet dat jij hem de liefde kan geven die hij verdient.” Ze draait zich om, loopt de deur uit en verdwijnt in de schimmige wereld van illegale vluchtelingen.